启东市发圣船舶工程有限公司（以下简称“发圣公司”）诉启东市人民政府（以下简称“启东市政府”）渡口行政许可及南通市人民政府（以下简称“南通市政府”）行政复议案是一起涉及渡口行政许可和行政复议的行政案件。
一、案件背景
1. 原渡口情况：
启东红阳港至启东市启隆乡的长江段原设有汽渡，发圣公司为该汽渡车客渡船运输的经营者。
2011年，汽渡南岸的启隆码头被拆除，此后该汽渡停止运营。
2. 渡口撤回：
2012年5月10日，启东市政府作出启政复[2012]19号《市政府关于同意撤回红阳港和兴隆沙渡口设置的批复》，以崇启大桥建成通车、渡口存在的必要性已消失以及存在安全隐患为由，撤回了设置该渡口的行政许可。
3. 发圣公司的申请：
2014年，发圣公司就汽渡重设及复航事项向启东市北新镇人民政府、启隆乡人民政府提出了书面报告。
2014年10月13日，启东市北新镇人民政府、启隆乡人民政府根据发圣公司的申请，向启东市政府提交了《关于设立启东至启隆乡汽渡的申请》，建议重新开设启东至启隆的航线。
2015年，发圣公司再次提交了关于筹建和经营红阳港至兴隆沙渡口的报告，启东市政府未予答复。
为此，发圣公司于2016年6月提起行政诉讼，江苏省南通市中级人民法院经审理后，于2016年11月21日作出（2016）苏06行初86号行政判决，责令启东市政府在判决生效后六十日内作出答复。
二、行政许可申请及补正
1. 补正告知：
2016年12月12日，启东市政府向发圣公司寄送了行政许可申请及材料补正告知书，要求发圣公司在2016年12月27日前补充提交汽车渡口设置可行性研究报告、渡口安全管理制度、渡船的船舶检验证书、海事管理机构意见书等材料。
2. 征求意见：
2016年12月29日、2017年1月5日，启东市政府分别向启东海事处、崇明海事局发送关于发圣公司申请筹建和经营红阳港至兴隆沙渡口征求意见的函。
2016年12月30日，启东市政府还向启东市交通运输局征求意见。
三、不予许可决定及行政复议
1. 不予许可决定：
启东市政府在收到海事处、海事局及交通运输局的反馈意见后，于2017年2月24日向发圣公司作出《1号不予许可决定》。
2. 行政复议：
发圣公司不服《1号不予许可决定》，于2017年3月10日向南通市政府申请复议。
南通市政府在收悉复议申请后，于2017年3月13日向发圣公司邮寄了复议受理通知，向启东市政府邮寄了答复通知。
2017年5月2日，南通市政府组织听证会对案件进行了审理。后因案情复杂，于2017年5月10日向双方当事人送达了延期审理通知书。
2017年6月6日，南通市政府作出《88号复议决定》，维持了《1号不予许可决定》。
四、诉讼过程及结果
1. 一审：
发圣公司不服《1号不予许可决定》和《88号复议决定》，向法院提起行政诉讼，请求确认《1号不予许可决定》违法并予撤销，同时撤销《88号复议决定》。
一审法院认为，启东市政府在受理发圣公司的申请后，依法向相关部门征求意见，并根据专门机关出具的意见作出不予许可决定，已尽到法定的、审慎的审查义务。因此，一审法院判决驳回了发圣公司的诉讼请求。
2. 二审：
发圣公司不服一审判决，提起上诉。
江苏省高级人民法院二审认为，一审法院认定事实清楚、适用法律正确、审判程序合法，遂判决驳回上诉、维持原判。
五、争议焦点及法院裁判要旨
1. 争议焦点：
发圣公司是否符合渡口设置及运营条件。
启东市政府作出的行政行为程序是否合法。
南通市政府复议程序是否合法。
2. 裁判要旨：
人民法院在确定行政机关履行法定职责的期限时，应遵循一定的原则。当法律规范明确规定了行政机关的履责期限时，除特殊情形外，人民法院一般应参照相关法律规范的规定确定行政机关的履责期限；法律规范未对行政机关履责期限作出规定的，人民法院应结合具体案情，充分考虑当事人合法权益保护的及时性和行政机关履责的可行性等因素，合理确定行政机关的履责期限。
在长江上设置渡口，应当具有必要性和可行性，并符合法律法规规定的条件。本案中，发圣公司未能提供充分证据证明其申请设置渡口的必要性和可行性，且其提交的申请材料不完整，因此启东市政府作出不予许可决定并无不当。
综上所述，启东市发圣船舶工程有限公司诉启东市人民政府渡口行政许可及南通市人民政府行政复议案是一起涉及渡口行政许可和行政复议的行政案件。经过一审、二审法院的审理和判决，最终认定启东市政府作出的不予许可决定和南通市政府作出的复议决定均合法有效。
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